Васил Панайотов е роден на 16 юли 1990 година и играе като полузащитник за Черно море. Кариерата му преминава през няколко български клуба, два периода в Полша и престой в Кипър, преди да се превърне в една от водещите фигури на варненския тим.
Първи стъпки във футбола
Панайотов започва да тренира едва шестгодишен в школата на Пирин (Гоце Делчев). На 13 години преминава в академията на Пирин (Благоевград), където прекарва четири сезона.
През 2007 година талантът му е забелязан от Левски. В школата на „сините“ той работи под ръководството на Викторио Павлов, а две години по-късно подписва и първия си професионален договор.
До пробив в представителния отбор обаче не се стига. Младият халф е изпратен под наем във Волов (Шумен) за шест месеца, след което записва един полусезон за дублиращия състав на Левски.
Завръщане в родния клуб и дебют в елита
През лятото на 2010 година Панайотов се разделя с Левски и отново облича екипа на Пирин (Гоце Делчев). Престоят му е кратък, а през януари 2011 година преминава в Банско.
Година и половина по-късно той се завръща в Гоце Делчев в специален момент за клуба. Пирин тъкмо е спечелил първата си промоция в българския елит.
През сезон 2012/13 Панайотов прави дебют в най-високото ниво на родния футбол. В следващите две години се утвърждава като основен футболист в средата на терена.
Опит зад граница
През 2014 година полузащитникът предприема първото си чуждестранно предизвикателство и подписва с кипърския Агия Напа.
Само година по-късно кариерата му продължава в Полша, където става част от Завиша Бидгош.
През юни 2016 година Панайотов се прибира в България и се присъединява към Берое. Периодът му в Стара Загора обаче не се развива според очакванията – през есенния дял той записва едва три шампионатни срещи.
В началото на 2017 година халфът отново заминава за Полша, този път като футболист на Стал Мелец.
Втори шанс в Левски
През лятото на 2017 година Панайотов се завръща на „Герена“. За сезон 2017/18 той участва в 25 мача от Първа лига и отбелязва три гола.
Въпреки редовните си изяви, полузащитникът не получава предложение за нов договор и напуска клуба след края на сезона.
Черно море и капитанската лента
На 7 август 2018 година Васил Панайотов подписва с Черно море като свободен агент. Именно във Варна той намира постоянство и се превръща във важна част от състава на „моряците“.
С годините халфът се утвърждава не само с работата си на терена, но и с ролята си в съблекалнята.
През лятото на 2025 година Панайотов наследява капитанската лента от прекратилия кариерата си Даниел Димов и поема лидерската роля в Черно море.
